Nel 1131 e nel 1133 due diplomi di Re Ruggero II di Sicilia disponevano che tutti i monasteri greci dell�Isola dovevano dipendere da quello del Santissimo Salvatore �in lingua Phari� di Messina, contestualmente elevato ad archimandritato. Nacque da questi atti un vero e proprio sistema federativo del monachesimo bizantino nel Regno, poi applicato dal re Guglielmo II, nel 1168, anche ai monasteri italo-greci della Calabria e della Basilicata.

Con la diminuzione della conoscenza della lingua greca, il monachesimo italo-greco, soprattutto dopo l�avvento della dinastia siculo-aragonese, inizi� a declinare rapidamente.

Il Metropolita Bessarione, gi� Arcivescovo di Nicea per il Patriarcato ecumenico di Costantinopoli, nel 1439 divenuto cardinale, negli anni successivi fu nominato commendatario dell�Archimandritato del Ss. Salvatore di Messina e dell�Abbazia di Santa Maria in Grottaferrata: egli riusc� a rivitalizzare la tradizione monastica bizantina in Italia ed in Sicilia, convocando nel 1446 i superiori dei monasteri greci di Sicilia, Calabria e Puglia presso la Basilica dei Ss. Apostoli in Roma, di cui deteneva il titolo cardinalizio. Fu il primo vero e proprio capitolo de basiliani d�Italia. Il cardinale Bessarione riusc� inoltre a riaprire la scuola di greco di Messina, affidata all�umanista bizantino Costantino Lascaris, obbligando i monaci a frequentarla.

Si dovette per� aspettare il 1� novembre 1579, data in cui papa Gregorio XIII riun� in un unico ordine i monaci di tradizione bizantina presenti nella penisola e nelle isole (sita italo-greci, sia italo-albanesi), con la bolla �Benedictus Dominus�, perch� nascesse la Congregazione d�Italia dei Monaci Basiliani. Furono istituite tre ripartizioni del neonato Ordine di San Basilio Magno: quella siciliana  con sede a Messina, presso l�Archimandritato del Ss. Salvatore, quella, calabro-lucana basata a Rossano e quella romano-napoletana, avente il suo centro presso l�Abbazia di Grottaferrata, alle porte di Roma. Le attivit� precipue dei monaci furono lo studio, la preghiera, l�educazione dei giovani e l�apostolato.

I basiliani italiani ebbero l�incarico di rivitalizzare anche i monasteri di tradizione orientale presenti in Spagna, che Filippo II avrebbe voluto sopprimere al pari di quelli italiani e siciliani e che vennero posti alle dipendenze di Grottaferrata (gli ultimi cenobi spagnoli scomparvero nel 1855, a causa delle leggi del governo di Baldomero Espartero).

A partire dalla met� del XVIII secolo, con la soppressione di numerosi monasteri nel Regno di Napoli, per l�Ordine basiliano italiano inizi� un nuovo periodo di decadenza, culminato nel 1866, con le leggi eversive sabaude del Regno d�Italia: l�unico monastero sopravvissuto fu quello di Grottaferrata, mantenuto come monumento nazionale. Negli anni Trenta del XIX secolo era iniziato anche un lungo periodo di sede vacante per l�Archimandritato del Santissimo Salvatore di Messina, protrattosi fino al 1883, quando la storica istituzione del monachesimo greco di Sicilia fu unita �aeque principaliter�, all�Arcidiocesi messinese.

La tradizione greca venne tuttavia ripristinata integralmente a Grottaferrata con decreto del 12 aprile 1882: le nuove costituzioni dei Basiliani d�Italia furono approvate una prima volta nel 1900 e nuovamente, dopo alcune modifiche apportate dalla Congregazione per le Chiese Orientali, il 6 aprile 1929.

Nel 1920 i Basiliani ripresero possesso, grazie all�opera dello ieromonaco siciliano Nilo Borgia, del monastero di Mezzojuso, in provincia di Palermo (fondato da monaci cretesi e retto nel XVII secolo dall�abate messinese don Nilo Catalano di Castanea, latino di nascita e poi monaco a Grottaferrata, egumeno a Mezzojuso ed infine  arcivescovo di Durazzo in Albania); nel 1932 fondarono anche quello di San Basile, in provincia di Cosenza, e nel 1949 quello di Piana degli Albanesi, sempre nel palermitano.

Attualmente l�ordine conta tre case: l�Abbazia di Grottaferrata, il collegio �San Basilio� di Roma e l�Istituto del Santissimo Salvatore di Piana degli Albanesi.